主要问题是大多数系统的成本较高，而中小企业的起点很低；市场上缺少适合中小企业起步的信息系统，而多数开发商普遍认为，物流信息市场在低端不具备开发价值。
缺乏拥有自主知识产权的主流信息系统是我国物流信息化的第二大瓶颈。目前国内的研发能力无法和国际同行竞争。物流信息系统的标准较为混乱，不成体系，难以互联互通，难以实现信息共享。网络的设计与优化也缺乏基础理论的指导。
第三大瓶颈是开发商难以盈利。物流软件是管理软件，需求的个性化和生产的批量化是难以统一的，因此造成开发成本极高。对开发商来讲，不能批量生产，成本就居高不下。解决这个问题的关键是如何规范信息技术和开发的模式，加强咨询服务，以满足企业个性化需求。
第四大瓶颈是提供基础信息和公共服务的平台发展缓慢。GPS（全球卫星定位系统）、GIS（地理信息系统）技术服务在大型企业的应用比例为23％，在大型物流企业的应用仅为12.5％，在中小企业基本是空白。基础技术服务应用比例趋少，整个行业的整合就相对困难。
第五大瓶颈是物流信息化发展战略暂属空白。中国物流与采购联合会副会长戴定一认为，我国的一流信息化发展还需要一个培养人才、培养需求、培养管理技术的过程，但多数系统开发商缺乏战略眼光，未提出我国物流信息化长期发展的战略任务。物流信息化在我国具有巨大挖掘潜力和长期的发展前景，作为一个系统工程，如何突破瓶颈，需要开发商和物流企业参与国家的物流科技发展规划，协同作战，避免出现无序低效的竞争，共同促进我国物流信息化的进程。